Większość obiektów eksponowanych na wystawie poddanych zostało konserwacji w ramach ministerialnych projektów i współpracy z Wydziałem Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki Akademii Sztuk Pięknych im. Jana Matejki w Krakowie oraz Katedrą Konserwacji Restauracji Malarstwa i Rzeźby Polichromowanej na Wydziale Sztuk Pięknych Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu.
Aktualnie kończą się prace nad projektem aranżacji muzeum realizowane przez Karolinę Fandrejewską i Urszulę Wasielewską-Kuziemską we współpracy z Sound & Space Design Group. Projekt obejmuje powierzchnię 422 m kw. Z uwagi na wysoką klasę artystyczną zbiorów, a także na szacunek należny naszym Donatorom, Muzeum ma się odznaczać nowoczesnymi rozwiązaniami. Jest to także istotne z perspektywy edukacji studentów historii sztuki KUL, którzy od początku powinni być zaznajamiani z najlepszymi praktykami muzealnymi. Każda sala poświęcona będzie innej tematyce (historia KUL, straty wojenne, plastyka średniowieczna, plastyka nowożytna, malarstwo obce, malarstwo polskie, prace na papierze). Projekt wykonawczy do aranżacji gotowy będzie w 2020 r. Wstępnie zakłada się, że realizacja potrwa do 2022 r.